מחלקת הנוער של עירוני מודיעין בכדורגל קיימת רק עשר שנים, ונחשבת למחלקת נוער צעירה ורעננה שהולכת ומתפתחת עם השנים. במחלקת הנוער של המועדון פועלות 16 קבוצות, והיא נחשבת לאחת הגדולות בארץ, עם 380 שחקנים בשלל גילים – מקבוצת טרום ג ועד לקבוצת הנוער. נוסף על כך, עוד 1,000 ילדים מתאמנים ומשחקים בעיר במסגרת מחלקת הנוער המקומית.
הקבוצות במחלקה משחקות בשני מגרשים עיקריים – האצטדיון החדש באזור התעשייה 'ליגד', שנפתח אך לפני כשנה, והאצטדיון הישן שבשכונת 'השמשונים'. תקציב מחלקת הנוער ממומן בחציו על ידי העירייה, ושאר הסכום מגיע בעיקר מתשלומי הורים. חלק קטן מהכספים מגיעים מספונסרים ומתומכים.
תומר כרמלי, המנהל המקצועי של מחלקת הנוער, מאמן את אחת הקבוצות המעניינות ביותר במחלקה, ילדים ג', שנחשבת למוכשרת ביותר מבין קבוצות המועדון. הקבוצה משחקת במחוז מרכז, המחוז החזק בארץ, שבו משחקות בין היתר מכבי והפועל תל אביב, מכבי פתח תקוה ובני יהודה.
"למעשה, אנחנו הקבוצה היחידה בליגה שאין לה קבוצת בוגרים באחת משתי הליגות הראשונות, וזה אומר הכול", מציין כרמלי בשיחה עם "על העיר מודיעין" ומוסיף: "הבסיס של הקבוצה השנה הוא של טרום א' מהעונה הקודמת, שבה סיימנו במקום השלישי".
הקבוצה הבוגרת של המועדון נמצאת בליגה נמוכה, ליגה ב' דרום ב', מה שגרם במשך שנים ובאופן טבעי לעזיבה של שחקנים רבים ממחלקת הנוער למחלקות אחרות בארץ, לקראת גיל הבוגרים. כרמלי מספר על התופעה: "שחקנים רבים שהגיעו לגילאי נערים ב', נערים א' ונוער היו עוברים לקבוצות אחרות, אבל הצלחנו לבלום את זה ואף להחזיר אלינו שחקנים תושבי העיר. צירפנו אנשי מקצוע מובילים – איתי כהן, שעד לפני שנתיים היה מנהל תחום ההעשרות במכבי חיפה, וגילי לנדאו, שניהל את תחום האקדמיות וההעשרות במכבי תל אביב במשך תשע שנים. בסופו של דבר, המטרה היא לייצר שחקנים לקבוצה הבוגרת, שתתקדם תוך כדי הסתמכות על השחקנים המקומיים".
בחודש דצמבר תצא קבוצת הילדים לטורניר יוקרתי בספרד, שבו ישתתפו בין היתר קבוצות הילדים של ברצלונה, אתלטיקו מדריד ואספניול.
